Genome-wide association between single nucleotide polymorphisms with beef fatty acid profile in Nellore cattle using the single step procedure

Creators

Roberto Carvalheiro, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Rafael Medeiros de Oliveira Silva, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Daniel M. Gordo, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Rafael Espigolan, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Fabieli L.B. Feitosa, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Susan Duckett, Clemson University, Department of Animal and Veterinary Science
Marcos V.A. Lemos, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Fernando Baldi, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Ignacio Aguilar, National Institute of Agricultural Research of Uruguayy, Department of Animal Breeding Montevideo
Adrielle M. Ferrinho, Universidade de São Paulo, Departamento de Nutrição e Produção Animal, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia
Joyce J.M. Furlan, Universidade de São Paulo, Departamento de Nutrição e Produção Animal, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia
Monica R. Mazalli, Universidade de São Paulo, Departamento de Nutrição e Produção Animal, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia
Lucia G. Albuquerque, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Henrique Nunes de Oliveira, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Hermenegildo Lucas Justino Chiaia, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Lenise F. Mueller, Universidade de São Paulo, Departamento de Nutrição e Produção Animal, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia
Carolyn Aboujaoud, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Gregório M.F. Camargo, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Rafael Tonussi, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Mariana Piatto Berton, Universidade Estadual Paulista, Departamento de Zootecnia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias
Angélica S.C. Pereira, Universidade de São Paulo, Departamento de Nutrição e Produção Animal, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia

Description

Abstract Background Saturated fatty acids can be detrimental to human health and have received considerable attention in recent years. Several studies using taurine breeds showed the existence of genetic variability and thus the possibility of genetic improvement of the fatty acid profile in beef. This study identified the regions of the genome associated with saturated, mono- and polyunsaturated fatty acids, and n-6 to n-3 ratios in the Longissimus thoracis of Nellore finished in feedlot, using the single-step method. Results The results showed that 115 windows explain more than 1 % of the additive genetic variance for the 22 studied fatty acids. Thirty-one genomic regions that explain more than 1 % of the additive genetic variance were observed for total saturated fatty acids, C12:0, C14:0, C16:0 and C18:0. Nineteen genomic regions, distributed in sixteen different chromosomes accounted for more than 1 % of the additive genetic variance for the monounsaturated fatty acids, such as the sum of monounsaturated fatty acids, C14:1 cis-9, C18:1 trans-11, C18:1 cis-9, and C18:1 trans-9. Forty genomic regions explained more than 1 % of the additive variance for the polyunsaturated fatty acids group, which are related to the total polyunsaturated fatty acids, C20:4 n-6, C18:2 cis-9 cis12 n-6, C18:3 n-3, C18:3 n-6, C22:6 n-3 and C20:3 n-6 cis-8 cis-11 cis-14. Twenty-one genomic regions accounted for more than 1 % of the genetic variance for the group of omega-3, omega-6 and the n-6:n-3 ratio. Conclusions The identification of such regions and the respective candidate genes, such as ELOVL5, ESSRG, PCYT1A and genes of the ABC group (ABC5, ABC6 and ABC10), should contribute to form a genetic basis of the fatty acid profile of Nellore (Bos indicus) beef, contributing to better selection of the traits associated with improving human health.

Publication Date

1-1-2016

Publisher

figshare Academic Research System

DOI

10.6084/m9.figshare.c.3643397.v1

Document Type

Data Set

Identifier

10.6084/m9.figshare.c.3643397.v1

Embargo Date

1-1-2016

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COinS